主要用的是macs2包的子命令callpeak

mkdir -p macs2 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs --outdir ./macs2/ -n Treat -B -q 0.01

参数说明：

(1) -t : t是treatment组的意思，意为实验组，如果有多个样本，可以写为 -t A B C。
(2) -c ：c是control组的意思，即为实验组，如果有多个样本，同-t一样的用法。
(3) -n ：n是name的首字母，就是给输出文件设置名字。
(4) -f ：是format，即文件格式（ELAND，BED，SAM，BAM）等等。
(5) -g ：gsize，可用图表示的基因组大小，不同种属有不同的设定，一般人类的是 hs，小鼠mm。
(6) -q ：可设置qvalue阈值。
(7) -B ：bdg，以bedGraph格式存放fragment pileup, control lambda, -log10pvalue 和log10qvale。

参考资料：

ChIP-seq peak，我想call就call (qq.com)